Elk primair lipoproteïne wordt gekenmerkt door de aanwezigheid van een individueel eiwit (apolipoproteïne) dat alleen inherent aan het primaire lipoproteïne is. Apolipoproteïnen worden aangeduid met Latijnse letters, en sommige ervan vertegenwoordigen een familie van eiwitten en worden bovendien aangeduid met nummers (bijvoorbeeld apo-A1, apo-A2, enz.).