Bepaling van antilichamen tegen de microsomale fractie van de schildklier wordt gebruikt om auto-immuun thyreoïditis en hypothyreoïdie te diagnosticeren, waarbij de hoeveelheid antilichamen in het bloed stijgt. Antilichamen tegen schildkliermicrosomen vormen immuuncomplexen op het celoppervlak en activeren complement- en cytotoxische lymfocyten, wat leidt tot celvernietiging en de vorming van een ontstekingsproces in de schildklier.