De bepaling van antilichamen tegen de microsomale fractie van de schildklier wordt gebruikt voor het diagnosticeren van auto-immune thyroiditis en hypothyreoïdie, waarbij het niveau van antilichamen in het bloed stijgt. Antilichamen tegen schildkliermicrosomen vormen immuuncomplexen op het celoppervlak, activeren complement- en cytotoxische lymfocyten, wat leidt tot celbeschadiging en de vorming van een ontstekingsproces in de schildklier.