Het bepalen van de veroorzaker is cruciaal om de diagnose pneumocystose te bevestigen. Basismateriaal voor onderzoek - sputum, bronchiale secreties, wassen verkregen door wassen van de bronchiën of bronchoalveolaire lavage, longweefsel plakjes door transbronchiale, percutane biopsie of geopend. Meestal, vanwege de ernstige toestand van de patiënt, worden deze manipulaties niet uitgevoerd om complicaties te voorkomen.