Behandeling van meningokokkeninfectie hangt af van de klinische vorm van de ziekte. Bij nasofaryngitis is de therapie symptomatisch. Als de diagnose wordt bevestigd bacteriologisch gebruikte benzylpenicilline, ampicilline, cefalosporinen I-II generatie, chlooramfenicol, pefloxacine secundaire therapeutische doses gedurende 3 dagen. Gebruik geen co-trimoxazol, aminoglycosiden, waarvan de meeste van de momenteel bestaande meningokokkenstammen stabiel zijn.