H. influenzae zijn gramnegatieve, pleomorfe, staafvormige of coccoïde cellen met een afmeting van (0,2-0,3) x (0,5-2) µm. Ze bevinden zich in uitstrijkjes afzonderlijk of in paren, en soms in de vorm van korte ketens en groepen. Op dichte media vormen ze kleine (tot 1 mm in diameter) ronde, kleurloze kolonies. Micro-organismen zijn immobiel en vormen geen sporen, maar de vorming van capsulaire vormen is mogelijk, waaraan pathogene eigenschappen zijn gekoppeld. De ziekteverwekker produceert endotoxine, waarvan de drager capsulaire polysacchariden worden beschouwd.