Meestal pseudomembraneuze colitis ontwikkelt onder invloed van langdurig gebruik van antibiotica ampicilline, lincomycine, klinda-mitsina, cefalosporines, op zijn minst - penicilline, erytromycine, chlooramfenicol, tetracycline. Clostridium difficile - sporenvormende grampositieve anaerobe bacillus, die kan twee soorten exotoxinen toxine A en toxine B. Er zijn vier belangrijke redenen voor de ontwikkeling van pseudomembraneuze colitis geassocieerd met C. Difficile veroorzaken.