Het veroorzakende agens van de pest is een kleine, polymorfe, gefixeerde geïmmobiliseerde staaf Yersinia pestis van de familie Enterobacteriaceae van het geslacht Yersinia. Heeft een slijmerige capsule, vormt geen sporen. Facultatief anaeroob. Het is gekleurd door bipolaire aniline kleurstoffen (intensiever langs de randen). Isoleer ratten-, grondworm-, gopher-, vlucht- en zanderige variëteiten van pestbacteriën.