Allo-immuun, of iso-immuun, neutropenie bij pasgeborenen treedt op bij de foetus als gevolg van antigene incompatibiliteit tussen de neutrofielen van de foetus en de moeder. De iso-antistoffen van de moeder behoren tot de IgG-klasse; ze dringen door de placentabarrière en vernietigen de neutrofielen van het kind. Iso-antistoffen zijn meestal leukoagglutininen; ze reageren met de cellen van de patiënt en zijn vader, en niet met de cellen van de moeder.